Selepas membandingkan sitokrom b mitokondria dan jujukan-jujukan rRNA 12S (Shapiro et al. 2002), Burung Punai Emas telah dicadangkan sebagai saudara terdekat yang masih hidup kepada burung-burung dodo dan tunggal Rodrigues. Bagaimanapun, ia tidak membayangkan sebarang hubungan rapat yang sebenar, tetapi hanya bermaksud bahawa semua spesies hidup yang lain adalah lebih jauh hubungannya. Selain itu, filogeni teragak yang disimpulkan daripada datanya adalah tidak betul; filogeni molekul burung-burung merpati Indo-Australia menghasilkan keputusan-keputusan yang terlalu berbeza, bergantung kepada jujukan gen yang dianalisis (umpamanya, berbanding dengan Johnson & Clayton 2000).

Berdasarkan tulang-tulang subfosil yang ditemui di New Caledonia dan Tonga, satu spesies pupus, Caloenas canacorum telah diperihalkan. Burung ini adalah burung besar, dengan saiznya sesuku lebih besar daripada Burung Punai Emas. Memandangkan bahawa ia pasti merupakan sumber makanan yang baik, burung ini amat mungkin diburu sehingga kepupusan oleh peneroka-peneroka awal di pulau-pulau kediaman burung tersebut.

Merpati Liverpool lagi satu spesies pupus dari kawasan Pasifik yang tidak dapat ditentukan, juga tergolong dalam genus Caloenas, tetapi ini hanya merupakan suatu kemungkinan yang paling kurang tak sesuai; keafinan-keafinannya yang benar masih tidak dapat ditentukan.